蓮華は泥沼に生じ、そこから清浄な花を開くことからインドでは古来より珍重され、仏教でも尊ばれています。まるで泥沼が五濁悪世の我々衆生のすがた。
そこにすっと咲く清らかな蓮華は仏さまから頂いた信心の花
すなわち阿弥陀仏に救われたすがたとして頂くことができます。

　これを親鸞聖人は『教行信証』にこう表されました。

　『煩悩の泥の中に蓮の花を開く』とは、維摩経に『高原の乾いた陸地には蓮の花は生じないが、低い湿地の泥沼には蓮の花が生じる』と説かれている。これは、凡夫が煩悩の泥の中にあって、菩薩に教え導かれて、如来回向の信心の花をひらくことができるのをたとえたのである。
と。

　このようなことから、蓮華が仏さまの教えそのもののシンボル、仏教のシンボルとしてとして寺院を始めいろいろなところに用いられるようになりました。

・・・だそうです。
更に、まことしやかな説としては、

　蓮は仏教とかかわりの深い花として有名です。(阿弥陀様が座っている花がそうです)
インドの国花で、インドではもっとも神聖な花とされています。
仏陀の誕生を告げて花が開き、仏陀は蓮の花に立ち「天上天下唯我独尊」と第一声をあげたと言われています。
中国では蓮は俗人に染まらない君子の花。極楽世界は蓮の池であると信じられています。
大輪の蓮の花が咲き誇る様子は極楽浄土の象徴となり仏教を切り離せない花になりました。